高校财务治理是相关权益在利益相关者之间的配置，即用以协调和平衡高校利益相关者之间财务权、责、利的治理结构、运行机制和治理方式等。完善高校财务治理体系的核心和关键是建立一系列权力配置和利益平衡机制。长期以来，中国的高校办学存在的主要问题为：国家对高校控制过严，同时高校的校级管理又对学院的办学控制过严，双向控制下导致中国高校的办学活力不足。财务管理体制的转变，是深化高等教育改革、落实高校自主权和调动校内各单位积极性，理顺财务关系和加强经济责任制的重要举措。